精子畸形率百分之九十八，并不能确定绝对不能生育，但是妻子怀孕的几率要低一些，并且可能会因为精子的质量，有可能妻子怀孕后发生自然流产和畸形的几率要高一些。
如果妻子能怀孕，怀孕后一定要按照医生的建议，做好孕期相关的检查，确定胎儿是正常的才可以放心。如果确定胎儿的生长发育异常，孩子发育畸形，出生后不能成为一个健康的孩子，需要在合适的孕周做终止妊娠的手术。
如果检查男性的精子畸形率比较高，夫妻最好暂时要做好避孕措施。需要去更专业的医院，做进一步的检查，根据具体原因采取相应的调理和治疗措施，提高男性精子的质量，在打算怀孕要孩子比较好。